既知の活性／非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択

和久井直樹; 大上雅史; 千葉峻太朗; 石田貴士; 岩﨑博史; 秋山泰

論文・著書情報

タイトル

和文:	既知の活性／非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択
英文:

著者

和文:	和久井直樹, 大上雅史, 千葉峻太朗, 石田貴士, 岩﨑博史, 秋山泰.
英文:	Naoki Wakui, Masahito Ohue, Shuntaro Chiba, Takashi Ishida, 岩﨑博史, Yutaka Akiyama.

言語

Japanese

掲載誌/書名

和文:	研究報告バイオ情報学（BIO）
英文:	IPSJ SIG Technical Report

巻, 号, ページ

2015-BIO-42 60 1-4

出版年月

2015年6月16日

出版者

和文:	情報処理学会
英文:

会議名称

和文:	情報処理学会第42回バイオ情報学研究会
英文:

開催地

和文:
英文:

公式リンク

https://ipsj.ixsq.nii.ac.jp/ej/?action=pages_view_main&active_action=repository_view_main_item_detail&item_id=142529&item_no=1&page_id=13&block_id=8

アブストラクト

Structure-based drug design (SBDD) において，ターゲットとなるタンパク質の立体構造データはスクリーニングの成否に大きな影響を及ぼす．しかし，既に構造解析されたタンパク質の立体構造は限られており，結晶構造は必ずしも生体内の構造を反映していないなどの問題点がある．本研究では，NMR を用いて解析された構造と X 線結晶構造解析を用いて解析された構造，さらに結晶構造を初期構造として分子動力学計算を行った際の構造モデルを用意し，既知活性化合物と非活性化合物に対してドッキングシミュレーションを行った．得られたドッキングスコアやドッキングスコアを分子量で正規化した値 (ポテンシー) によって活性化合物と非活性化合物の分離能を Receiver Operating Charasterstics (ROC) 曲線で評価し，どのような構造モデルの場合に活性/非活性を識別することができるのかを考察した．最終的には NMR，X 線，あるいは構造予測技術で作成された初期構造から，分子動力学法等により多数の構造モデルを生成し，バーチャルスクリーニングに適したモデルを自動的に選択するシステムの構築を目指している．

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