論文

• Manami Ito, Haruka Sugiura, Shotaro Ayukawa, Daisuke Kiga, Masahiro Takinoue. A Bacterial Continuous Culture System Based on a Microfluidic Droplet Open Reactor, Analytical Sciences, Vol. 32, No. 1, pp. 61-66, Jan. 2016.
• Shotaro Ayukawa, Masahiro Takinoue, Daisuke Kiga. RTRACS: a modularized RNA-dependent RNA transcription system with high programmability, Accounts of chemical research, Vol. 44, No. 12, pp. 1369-1379, 2011.
• Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura, Shotaro Ayukawa, Kana Ishimatsu, Satoru Akama, Masahiro Takinoue, Masami Hagiya, Daisuke Kiga. Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington’s landscape through autonomous signaling, Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 108, No. 44, pp. 17969-17973, 2011.
• Masahiro Takinoue, Daisuke Kiga, Koh-ichiroh Shohda, Akira Suyama. RNA Oscillator: limit cycle oscillations based on artificial biomolecular reactions, New Generation Computing, Vol. 27, No. 2, pp. 107-127, 2009.
• Masahiro Takinoue, Daisuke Kiga, Koh-ichiroh Shohda, Akira Suyama. Design and numerical analysis of RNA oscillator, Natural Computing, pp. 201-212, 2009.
• Hiroyuki Sekiguchi, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Masayuki Yamamura. A Design and Feasibility Study of Reactions Comprising DNA Molecular Machine that Walks Autonomously by using a Restriction Enzyme, Natural Computing, Vol. 7, No. 3, pp. 303-315, Mar. 2008.
• Masahiro Takinoue, Daisuke Kiga, Koh-ichiroh Shohda, Akira Suyama. Experiments and simulation models of a basic computation element of an autonomous molecular computing system, Physical Review E, Vol. 78, No. 4, pp. 041921, 2008.
• Hiroyuki Sekiguchi, Ken Komiya, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura. A realization of DNA molecular machine that walks autonomously by using a restriction enzyme, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 4848, pp. 54-65, Oct. 2007.
• Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Atsushi Kameda, Msasahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Daisuke Kiga, Shigeyuki Yokoyama, Masami Hagiya. DNA polymerase programmed with a hairpin DNA incorporates a multiple-instruction architcture into molecular computing, BioSystems, Vol. 83, No. 1, pp. 18-25, Jan. 2006.
• Komiya K, Sakamoto K, Kameda A, Yamamoto M, Ohuchi A, Kiga D, Yokoyama S, Hagiya M. DNA polymerase programmed with a hairpin DNA incorporates a multiple-instruction architecture into molecular computing., Biosystems, Vol. 83, No. 1, pp. 18-25, 2006.
• Daisuke Kiga, Kensaku Sakamoto, Koichiro Kodama, Takanori Kigawa, Takayoshi Matsuda, Takashi Yabuki, Mikako Shirouzu, Yoko Harada, Hiroshi Nakayama, Koji Takio, Yoshinori Hasegawa, Yaeta Endo, Ichiro Hirao, Shigeyuki Yokoyama.. An engineered Escherichia coli tyrosyl-tRNA synthetase for sitespecific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in eukaryotic translation and its application in a wheat germ cell-free system., Proceedings of the National Academy of Sciences,, Vol. 99, pp. 9715-9720, 2002.
• Kensaku Sakamoto, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Hidetaka Gouzu, Shigeyuki Yokoyama, Shuji Ikeda, Hiroshi Sugiyama, Masami Hagiya. State Transitions by Molecules, Biosystems, vol. 52, pp. 81-91, Oct. 1999.

国際会議発表 (査読有り)

• Daisuke Kiga, Tetsuhiro Mochida, Masahiro Takinoue, Akira Suyama. Realization of RTRAC: Reverse transcription and TRanscription based Autonomous Computer., Preliminary proceedings of the eleventh international meeting on DNA based computers, pp. 397, 2005.
• Ken KOMIYA, Kensaku Sakamoto, Daisuke Kiga, Shigeyuki Yokoyama. Evaluation of the potential of an autonomous DNA computer on the basis of molecular biology experiments, Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8), Proceedings of Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8), pp. 199, June 2002.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 伊藤真奈美, 杉浦晴香, 鮎川翔太郎, 木賀大介, 瀧ノ上正浩. Droplet microfluidics によるバクテリア連続培養システム, 化学とマイクロ・ナノシステム学会 第33回研究会 (CHEMINAS33), Apr. 2016.
• Manami Ito, Haruka Sugiura, Shotaro Ayukawa, Daisuke Kiga, Masahiro Takinoue. バクテリアケモスタットのためのマイクロ流体デバイスの構築, 「細胞を創る」研究会8.0, Nov. 2015.
• Manami Ito, Haruka Sugiura, Shotaro Ayukawa, Daisuke Kiga, Masahiro Takinoue. Microfluidic chemostat for cell density control, 第53回日本生物物理学会, Sept. 2015.
• Manami Ito, Haruka Sugiura, Shotaro Ayukawa, Daisuke Kiga, Masahiro Takinoue. 細胞密度制御の可能なマイクロ流体デバイスの構築, 第2回分子ロボティクス若手の会, Aug. 2015.
• 青竹 峻太郎, Chamidu Atupelage, 青木 工太, 長橋 宏, 木賀 大介. 顕微鏡画像における細胞のテクスチャ解析及びデータベースの公開, 医用画像情報学会第172回年次大会, 医用画像情報学会第172回年次大会予稿集, June 2015.
• 青竹 峻太郎, Chamidu Atupelage, 青木 工太, 長橋 宏, 木賀 大介. 顕微鏡画像におけるテクスチャ解析を用いた細胞領域抽出に関する研究, 画像電子学会第43回年次大会, 画像電子学会第43回年次大会予稿集, June 2015.

その他の論文・著書など

• Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura. Synthetic Biology, Tutorial on Programming Natural Systems: Part2. Programming Cells, New Generation Computing, Vol. 26, No. 4, pp. 347-364, Apr. 2008.
• 木賀大介, 菅裕明. 合成生物学　–その概念と未来-., Bionics, Vol. 3, No. 3, pp. 28-33, 2006.
• 木賀大介, 山村雅幸. 構成的生物学－つくることで理解する生物学－, 人工知能学会誌, Vol. 20, No. 6, pp. 715-721, June 2005.
• 木賀大介, 山村雅幸. 構成的生物学　-つくることで理解する生物学, 人工知能学会誌, Vol. 20, No. 6, pp. 715-721, 2005.

特許など

• 木賀大介, 石松　愛. 新規プロモーター. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学. 2012/05/24. 特願2012-118524. 2013/12/09. 特開2013-243947. 2013.
• 木賀大介, 内山　正彦. 単量体型ストレプトアビジン変異体及びその製造法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学. 2008/09/08. 特願2008-230167. 2010/03/25. 特開2010-063373. 2010.
• 木賀大介, 内山　正彦. 機能性非天然型タンパク質の製造法、及び当該タンパク質の部位特異的修飾・固定化法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学. 2007/03/06. 特願2007-055739. 2007/10/18. 特開2007-267733. 2007.
• 木賀大介, 内山　正彦. 機能性非天然型タンパク質の製造法、及び当該タンパク質の部位特異的修飾・固定化法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学. 2007/03/06. 特願2007-055739. 2007/10/18. 特開2007-267733. 特許第5119437号. 2012/11/02 2012.

学位論文

• 新機能のRNAおよびRNA認識タンパク質のin vitroおよびin vivoセレクション,  本文,  Doctor,  The University of Tokyo,  1999/--/--, 

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