論文

• 池田 亮太, 小林 聡, 小宮 健. Hill型の融解曲線をもつDNA塩基配列の設計, 研究報告バイオ情報学（BIO）, Vol. 2019-BIO-59, pp. 1-2, Sept. 2019.
• Ken KOMIYA. Measurement of microRNA with isothermal DNA amplification on fully automated immunoassay analyzers, Analytical and Bioanalytical Chemistry, June 2019.  公式リンク  
  
• Yusuke Sato, Ken Komiya, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shin-ichiro M. Nomura. Isothermal amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles, Chemical Communications, The Royal Society of Chemistry, Vol. 55, pp. 9084-9087, May 2019.  公式リンク  
  
• Ken KOMIYA, M. Komori, C. Noda, S. Kobayashi, T. Yoshimura, M. Yamamura. Leak-free million-fold DNA amplification with locked nucleic acid and targeted hybridization in one pot, Organic & Biomolecular Chemistry, Apr. 2019.  公式リンク  
  
• Kimoto, N., Ken KOMIYA, Fujimoto, K., Kobayashi, S.. Monotonically controlling right linear grammars with unknown behaviors to output a target string, Theoretical Computer Science, Jan. 2019.  公式リンク  
  
• 木元達哉, 小宮健, 藤本健造, 小林 聡. 未知の振る舞いを持つ正則文法とその制御, 電子情報通信学会技術研究報告, Vol. 118, pp. 1-8, Oct. 2018.
• 矢光隆太郎, 小宮健, 藤本健造, 小林 聡. 反応システムの制御によるブール関数の計算, 電子情報通信学会技術研究報告, Vol. 118, pp. 9-16, Oct. 2018.
• ジョン A. ローズ, Ken KOMIYA, Satoshi Kobayashi. Engineering multistate DNA molecules: a tunable thermal band-pass filter, Micro & Nano Letters, Vol. 11, No. 10, pp. 595-601, Oct. 2016.
• Ken KOMIYA, MASAYUKI YAMAMURA. Cascading DNA Generation Reaction for Controlling DNA Nanomachines at a Physiological Temperature, New Generation Computing, Vol. 33, No. 3, pp. 213–229, July 2015.
• 小宮健, ジョン A. ローズ, 山村雅幸. 自律DNA分子計算 ‐ in vitro インテリジェンスの構築, 計測自動制御学会論文集, Vol. 46, No. 11, pp. 700-705, Nov. 2010.
• Ken Komiya, Masayuki Yamamura, John A. Rose. Experimental Validation and Optimization of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR, Natural Computing, Vol. 9, No. 1, pp. 207-218, June 2010.
• Ken KOMIYA, MASAYUKI YAMAMURA, John A. Rose. Quantitative design and experimental validation for a single-molecule DNA nanodevice transformable among three structural states, Nucleic Acids Research, Vol. 38, No. 13, pp. 4539-4546, Apr. 2010.
• Ken Komiya, Masayuki Yamamura, John A. Rose. Experimental Validation of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 5347, pp. 1-10, Nov. 2008.
• Hiroyuki Sekiguchi, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Masayuki Yamamura. A Design and Feasibility Study of Reactions Comprising DNA Molecular Machine that Walks Autonomously by using a Restriction Enzyme, Natural Computing, Vol. 7, No. 3, pp. 303-315, Mar. 2008.
• K. Komiya, N. Hirayama, M. Yamamura. An Interface for a Computing Model Using Methylation to Allow Precise Population Control by Quantitative Monitoring, Lecture Notes on Computer Science, Vol. 4848, pp. 191-200, Oct. 2007.
• Hiroyuki Sekiguchi, Ken Komiya, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura. A realization of DNA molecular machine that walks autonomously by using a restriction enzyme, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 4848, pp. 54-65, Oct. 2007.
• Ken Komiya, Satsuki Yaegashi, Masami Hagiya, Akira Suyama, John A. Rose. Experimental Validation of the Statistical Thermodynamic Model for Prediction of the Behavior of Autonomous Molecular Computers Based on DNA Hairpin Formation, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 4287, pp. 428-438, Sept. 2006.
• John A. Rose, Ken Komiya, Satsuki Yaegashi, Masami Hagiya. Displacement Whiplash PCR: Optimized Architecture and Experimental Validation, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 4287, pp. 393-403, Sept. 2006.
• Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Atsushi Kameda, Msasahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Daisuke Kiga, Shigeyuki Yokoyama, Masami Hagiya. DNA polymerase programmed with a hairpin DNA incorporates a multiple-instruction architcture into molecular computing, BioSystems, Vol. 83, No. 1, pp. 18-25, Jan. 2006.
• Masami Hagiya, John A. Rose, Ken Komiya, Kensaku Sakamoto. Complexity analysis of the SAT engine: DNA algorithms as probablistic algorithms, Theoretical Computer Science, vol. 287, no. 1, pp. 59-71, Sept. 2002.
• Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Hidetaka Gouzu, Shigeyuki Yokoyama, Masanori Arita, Akio Nishikawa, Masami Hagiya. Successive State Transitions with I/O Interface by Molecules, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 2054, pp. 17-26, Apr. 2001.
• Kensaku Sakamoto, Hidetaka Gouzu, Ken Komiya, Shigeyuki Yokoyama, Takashi Yokomori, Masami Hagiya. Molecular Computation by DNA Hairpin Formation, Science, Vol. 288, pp. 1223-1226, May 2000.
• Kensaku Sakamoto, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Hidetaka Gouzu, Shigeyuki Yokoyama, Shuji Ikeda, Hiroshi Sugiyama, Masami Hagiya. State Transitions by Molecules, Biosystems, vol. 52, pp. 81-91, Oct. 1999.

著書

• 分子ロボティクス研究会: 浅沼浩之, 遠藤政幸, 葛谷明紀, 小宮健, 小長谷明彦, 萩谷昌己, 藤本健造, 松浦和則, ほか全３０名. 分子ロボティクス概論 ～分子のデザインでシステムをつくる, 分子ロボティクス概論 ～分子のデザインでシステムをつくる, 情報計算化学生物学会（CBI学会）出版, May 2019.
• 多田隈尚史, 葛谷明紀, 川又生吹, 村田智, 浜田省吾, 多田隈尚史, 野村慎一郎, 葛谷明紀, 小宮健, 川又生吹, 中茎隆, 角五彰, ほか全２２名. DNA分子デザインのすべて ～国際学生コンテストBIOMOD虎の巻～, DNA分子デザインのすべて ～国際学生コンテストBIOMOD虎の巻～, 情報計算化学生物学会（CBI学会）出版, May 2019.
• Hagiya, M., Kobayashi, S., Ken KOMIYA, Tanaka, F., Yokomori, T.. Molecular computing machineries-computing models and wet implementations, Handbook of Natural Computing, Vol. 3-4, pp. 1130-1184, 2012.
• 小宮健, 瀧ノ上正浩, 田中文昭, 浜田省吾, 村田智. DNAナノエンジニアリング, ナチュラルコンピューティング・シリーズ（萩谷昌己，横森貴 編）, 近代科学社, Vol. 2, pp. (216 pages), 2011.
• Masami Hagiya, Satoshi Kobayashi, Ken Komiya, Fumiaki Tanaka, Takashi Yokomori. Chapter 34. Molecular Computing Machineries -- Computing Models and Wet Implementations, Natural Computing Handbook (G. Rozenberg et al. Eds.), Springer-Verlag, Vol. 3, pp. 1129-1184, 2010.

国際会議発表 (査読有り)

• Ken Komiya, Teruya Enomoto, Masayuki Yamamura. Construction of DNA Amplification Circuit for Directing DNA Nanodevices and Quantifying Nucleic Acids, Twentyfifth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA25), Aug. 2019.
• Ibuki Kawamata, Shota Kawakami, Yu-Chin Chen, Shogo Hiratsuka, Sho Aradachi, Daisuke Tamatsuki, Hayato Yuuki, Takuto Takahashi, Eiki Ishihara, Shunsuke Imai, Hayato Otaka, Yuto Otak, Kenta Suzuki, Taiki Watanabe, Ken Komiya, Fumi Takabatake, Shin-Ichiro Nomura, Satoshi Murata. Autonomous and Programmable Strand Generator Implemented as DNA Chemical Reaction Network, Twentysecond International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA22), Sept. 2016.
• ジョン A. ローズ, Ken KOMIYA. Analysis and Design of a Single-Molecule DNA Nanodevice for Thermal Band-Pass Filters, 2016 IEEE 11th Annual International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems (NEMS), pp. (6 pages), Apr. 2016.
• Satoshi Kobayashi, Kazuya Yanagibashi, Kenzo Fujimoto, Ken Komiya, Masami Hagiya. Analog DNA Computing Devices Toward the Control of Molecular Robots, Workshop on Self-organization in Swarm of Robots: from Molecular Robots to Mobile Agents (WSSR 2014), Proceedings of Workshop on Self-organization in Swarm of Robots: from Molecular Robots to Mobile Agents (WSSR 2014), pp. (11 pages), Oct. 2014.
• Ryo Hirose, Satoshi Kobayashi, Ken Komiya. DNA Logic Circuits with a DNA Polymerase and a Nicking Enzyme, The 2011 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'11), Proceedings of the 2011 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'11), pp. 713-719, July 2011.
• Masayuki Yamamura, Noriko Hirayama, Ken Komiya. An Implementation of Aqueous Memory Molecules with Light Responsive DNAs, 2007 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2007), Proceedings of 2007 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2007), pp. 1843-1848, Sept. 2007.
• Mitsuhiro Kubota, Kazumasa Ohtake, Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Masami Hagiya. Branching DNA Machines Based on Transitions of Hairpin Structures, 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC2003), Proceedings of 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC2003), pp. 2542-2548, Dec. 2003.
• Ken KOMIYA, Kensaku Sakamoto, Daisuke Kiga, Shigeyuki Yokoyama. Evaluation of the potential of an autonomous DNA computer on the basis of molecular biology experiments, Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8), Proceedings of Eighth International Meeting on DNA Based Computers (DNA8), pp. 199, June 2002.
• Masanori Arita, Akio Nishikawa, Masami Hagiya, Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Hidetaka Gouzu, Shigeyuki Yokoyama. Improving Sequence Design for DNA Computing, Fifth Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO2000), Proceetings of Fifth Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO2000), pp. 875-882, July 2000.

国内会議発表 (査読有り)

• 小宮健. 分子生産からIoTまで、DNAナノテクノロジーが可能にする次世代の微細加工技術, 第6回バイオテックグランプリ, Sept. 2019.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Teruya Enomoto, Ken Komiya. Experimental investigation on encapsulation of isothermal nucleic acid amplification reaction into tiny chambers, International Symposium on “Artificial Cell Reactor Science and Technology”, pp. 53, Apr. 2018.
• Toshikazu Taki, Ken Komiya, Masayuki Yamamura. Autonomous Restoration of a DNA Track for a Sustained Walk of a DNA Walking Device Driven by Nicking Reaction, 8th Annual Conference on Foundation of Nanoscience (FNANO11), 8th Annual Conference on Foundation of Nanoscience (FNANO11), pp. 22-23, Apr. 2011.
• Ken KOMIYA, Kensaku Sakamoto, Shigeyuki Yokoyama, John A. Rose, Masami Hagiya. Single-Molecule Architcture for a DNA State Machine: Whiplash PCR, The First International Conference on Biocomputers (Biocomputers 2004), The First International Conference on Biocomputers (Biocomputers 2004), Oct. 2004.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 小宮健. 分子ロボット将来像の共創に向けて, 第 4 回分子ロボティクス年次大会, Nov. 2020.
• Shuntaro Sato, Masayuki Yamamura, Ken Komiya. Optimization of the multi-step DNA computing reaction using oxDNA MD simulation, CBI学会2020年大会, Oct. 2020.
• Shuntaro Sato, Masayuki Yamamura, Ken Komiya. Optimization of the multi-step DNA computing reaction that implements a state machine, 第58回日本生物物理学会年会, Sept. 2020.
• 小宮健. 持続可能な薬剤分子合成からIoTデバイス製造まで、DNAナノテクノロジーが可能にする次世代の微細加工技術, Tokyo Tech × BRAVE, June 2020.
• 小宮健. 核酸素子で生命のソフトウェア工学を探究する, 核酸化学懇話会2020 北海道・東北地区セミナー, Jan. 2020.
• 小宮健. 分⼦からIoTまで、ものつくりのシンギュラリティ, Tokyo Tech Research Festival 2019, Dec. 2019.
• Ken KOMIYA, Noda Chizuru, Teruya Enomoto, MASAYUKI YAMAMURA. Experimental Investigation of DNA Generation Circuits toward Molecular Robot Control, CBI学会2019年大会, Oct. 2019.
• Ken KOMIYA, Teruya Enomoto, MASAYUKI YAMAMURA. Characterization of DNA Generation Circuits for Controlling DNA Nanodevices, 第57回日本生物物理学会年会, Sept. 2019.
• Yuske Sato, Ken Komiya, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shin-Ichiro M. Nomura. Amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles at isothermal and physiological temperature, 第57回日本生物物理学会年会, Sept. 2019.
• 榎本輝也, 山村雅幸, 小宮健. 微小チャンバーを用いた低温増幅反応による核酸のデジタル計測技術の開発, ImPACT野地プログラム 最終成果報告会, Mar. 2019.
• 榎本輝也, 小宮健, 山村雅幸. 細胞サイズのチャンバー内における等温核酸増幅反応とデジタル計測技術の開発, 第2回分子ロボティクス年次大会, Mar. 2019.
• 小宮健. 分子ロボット研究者のための技術倫理綱領の策定, 第2回分子ロボティクス年次大会 ソーシャルイベント, Mar. 2019.
• 小宮健. DNAによるナノ構造の時空間プログラミングと知的機能の創製, Tokyo Tech Research Festival 2018, Nov. 2018.
• Ken KOMIYA. Construction of a DNA Generation Circuit toward Engineering of DNA-based Signal Transduction Systems, 第56回日本生物物理学会年会, Sept. 2018.
• 小宮健, 榎本輝也, 曽我直樹, 田端和仁, 野地博行, 山村雅幸. 細胞サイズの液滴内における等温DNA増幅反応挙動の検証, 第1回分子ロボティクス年次大会, Mar. 2018.
• 佐藤佑介, 小宮健, 川又生吹, 村田智, 野村 M. 慎一郎. 分子ロボットへの信号DNA増幅機構の実装に向けて, 第1回分子ロボティクス年次大会, Mar. 2018.
• 小宮健. 低コストな高感度核酸検査を実現する等温指数増幅法の開発, 第5回TR推進合同フォーラム ライフサイエンス技術交流会, Nov. 2017.
• Yusuke Sato, Yuki Suzuki, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Yuichi Hiratsuka, Ken Komiya, Masayuki Endo, Shin-ichiro M. Nomura. Development of a cell-sized molecular robot controlled by an external molecular signal, 第55回日本生物物理学会年会, Sept. 2017.
• Ken Komiya, Satoshi Kobayashi, John A. Rose. Engineering thermal response of a DNA nanodevice, 第55回日本生物物理学会年会, Sept. 2017.
• 小宮健, 若林優太, 山村雅幸. 翻訳機構の進化過程解明に向けたリボソームの立体構造比較, 「細胞を創る」研究会9.0, Nov. 2016.
• 若林優太, 小宮健, 山村雅幸. 好熱性細菌を対象としたリボソームの立体構造比較, 極限環境生物学会2016年度（第17回）年会, Nov. 2016.
• 小宮健, 藤本健造. 分子ロボットの知能となる分子制御回路の構築, MEMSセンシング＆ネットワークシステム展2016, Sept. 2016.
• Ken Komiya, Chizuru Noda, Makoto Komori, Kesu Dong, Toshio Takenaka, Teruya Enomoto, Toru Yoshimura, Masayuki Yamamura. Construction of an isothermal DNA amplification reaction system for simplified nucleic acid test, 第10回バイオ関連化学シンポジウム, Sept. 2016.
• 小宮健, 藤本健造. 分子ロボットの知能となる分子制御回路の構築, Nanotech 2016, Jan. 2016.
• Ken Komiya, Chizuru Noda, Masayuki Yamamura. Construction of a DNA Generation Circuit for a Molecular Robot, CBI学会2015年大会, Oct. 2015.
• Ken Komiya, Kesu Dong, Toshio Takenaka, Masayuki Yamamura. Construction of a DNA generation reaction system for autonomous DNA-based computing at a physiological temperature, 第53回日本生物物理学会年会, Sept. 2015.
• Ken Komiya, Makoto Komori, Erimi Harada, Takashi Nemoto, Masayuki Yamamura, Toru Yoshimura. Construction of an isothermal exponential amplification reaction system for highly sensitive nucleic acid test, 日本化学会第95春季年会, Mar. 2015.
• 外舘悠仁, 小宮健, 山村雅幸. DNAナノマシンによる歩行動作の温度特性の検証, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム講演論文集, pp. (2 pages), Oct. 2014.
• 小宮健, 山村雅幸. DNA応答型ナノマシンの動作を指定するDNAシグナル生成機構の構築, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム, 日本機械学会 第６回マイクロ・ナノ工学シンポジウム講演論文集, pp. (2 pages), Oct. 2014.
• Ken KOMIYA. Implementation of in vitro intelligence for real-time operation of molecular robots, 第52回日本生物物理学会年会, Sept. 2014.
• Ken KOMIYA. Implementation of in vitro intelligence for controlling molecular robots, 第51回日本生物物理学会年会, Oct. 2013.
• 小宮健. 分子ロボットの知能, 計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2012 (SSI2012), Nov. 2012.
• 小宮健. 分子ロボットの実現に向けたDNA論理ゲートの現状と課題, 人工知能学会合同研究会 第５１回分子生物情報研究会（SIG-MBI）, Nov. 2012.
• Ken KOMIYA, Asako Kobayashi, Masayuki Yamamura. Construction of molecular modules for an intelligent molecular robot that implements sensing, judgment and synthesis for controlling biological events without human intervention, 「細胞を創る」研究会4.0, Oct. 2011.
• Ken KOMIYA, Asako Kobayashi, Masayuki Yamamura. Construction of a molecular robot system that autonomously monitors, judges, and controls biomolecular reaction, 第49回日本生物物理学会年会, Sept. 2011.
• Ken KOMIYA. Innovation of a Molecular Robot Based on Dynamical DNA Nanotechnology for Achieving an Embedded Controller of Molecular Reaction, 2011 Genomic Sciences Research Complex (GSC) Tanabata Meeting, Aug. 2011.
• Ken KOMIYA, Masayuki Yamamura, John. A. Rose. Thermal band pass filter implemented with a bistable DNA, 第47回日本生物物理学会年会, Nov. 2009.
• 坂本 健作, 小宮 健, 横山 茂之, 萩谷 昌己. DNA分子の自己会合反応の解析, 新しい計算パラダイムシンポジウム2000, 情報処理学会シンポジウムシリーズ, Vol. 2000, No. 16, pp. 115-121, Dec. 2000.
• 萩谷 昌己, 小宮 健, 坂本 健作. SAT Engineの計算量の解析 −確率アルゴリズムとしてのDNAアルゴリズム−, 新しい計算パラダイムシンポジウム2000, 情報処理学会シンポジウムシリーズ, Vol. 2000, No. 16, pp. 109-114, Dec. 2000.

その他の論文・著書など

• 小宮健. ＤＮＡナノマシン, 現代化学, 東京化学同人, No. 548, pp. 32-35, Oct. 2016.
• 小宮健. 分子プログラミング、分子ロボティクスと高感度に核酸を検出する等温指数増幅反応系の構築, 日本化学会 生体機能関連化学部会 News Letter, Vol. 30, No. 2, pp. 6-9, Sept. 2015.
• 小宮健. 高感度核酸検査に向けた等温指数増幅反応系の構築, 化学と工業, Vol. 68, No. 6, pp. 533, June 2015.
• 小宮健. ナノサイズの「DNAからくり箱」が患部にお届けします, パリティ, 丸善出版株式会社, Vol. 28, No. 8, pp. 47-49, July 2013.
• 小宮健. 大学生のうちに世界と闘おう！： 国際生体分子デザインコンペテイション BIOMOD, パリティ, Vol. 28, No. 8, pp. 48-49, 2013.
• 小宮健. 分子ロボット創製に向けた動的DNAナノテクノロジーの展開, パリティ, Vol. 27, No. 1, pp. 72-74, 2012.
• 小宮健. 分子計算, 日本ロボット学会誌, Vol. 28, No. 10, pp. 1168-1171, 2010.

特許など

• 小宮健. DNAの酵素合成法. 特許. 公開. 国立大学法人東京工業大学. 2019/03/18. 特願2019-049824. 2020/09/24. 特開2020-150801. 2020.
• 小宮健. 標的核酸の検出方法及びキット . 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, Abbott Laboratories. 2017/04/07. 特願2017-076848. 2017/08/10. 特開2017-136086. 特許第6638122号. 2020/01/07 2020.
• 小宮健, 吉村　徹　, 小森　誠. ポリＤＮＡスペーサー配列を有する配列変換およびシグナル増幅ＤＮＡならびにそれらを用いた検出方法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, アボットジャパン株式会社. 2015/10/13. 特願2017-519832. 2017/11/02. 特表2017-532044. 特許第6773651号. 2020/10/05 2020.
• 小宮健, 吉村　徹　, 小森　誠. ロックされた核酸を有する配列変換およびシグナル増幅ＤＮＡならびにそれを用いた検出方法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, アボットジャパン株式会社. 2015/10/13. 特願2017-519860. 2017/10/19. 特開特表2017-530715. 特許第6896620号. 2021/06/11 2021.
• 小宮健, 吉村　徹　, 小森　誠. カバーされた配列変換ＤＮＡおよび検出方法. 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, アボットジャパン株式会社. 2015/01/15. 特願2016-538749. 2017/01/26. 特開特表2017-502661. 特許第6739339号. 2020/07/27 2020.
• 小宮健. 標的核酸の検出方法及びキット . 特許. 登録. 国立大学法人東京工業大学, Abbott Laboratories. 2011/12/12. 特願2012-547941. 2014/05/22. 再表2012/077819. 特許第6126381号. 2017/04/14 2017.

学位論文

• 自律的にプログラムを実行する分子機械の一本鎖DNA分子を用いた分子実装,  本文,  Doctor of Science,  The University of Tokyo,  2004/03/--, 

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