論文

• Hidetoshi Shimodaira. Frequentist and Bayesian measures of confidence via multiscale bootstrap for testing three regions, Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Vol. 62, No. 2, pp. 189-208, Feb. 2010.
• 下平英寿. 滑らかでない境界をもつ領域のためのマルチスケール・ブートストラップ法の理論と実装, 統計数理, Vol. 56, No. 1, pp. 3-18, 2008.
• Hidetoshi Shimodaira. Testing Regions with Nonsmooth Boundaries via Multiscale Bootstrap, Journal of Statistical Planning and Inference, Vol. 138, pp. 1227-1241, 2008.
• T. Nagashima, Hidetoshi Shimodaira, K. Ide, T. Nakakuki, Y. Tani, K. Takahashi, N. Yumoto, M. Hatakeyama. Quantitative transcriptional control of ERBB receptor signaling undergoes graded to biphasic response for cell differentiation, Journal of Biological Chemistry, Vol. 282, pp. 4045-4056, 2007.
• Ryota Suzuki, Hidetoshi Shimodaira. pvclust: an R package for assessing the uncertainty in hierarchical clustering, Bioinformatics, Vol. 22, pp. 1540-1542, 2006.
• H. Shimodaira. Approximately unbiased tests of regions using multistep-multiscale bootstrap resampling, Annals of Statistics, Vol. 32, pp. 2616-2641, 2004.
• Y. Yamamoto, H. Nakada, H. Shimodaira, S. Matsuoka. Parallelization of phylogenetic tree inference using Grid technologies, Proceedings of the First International Workshop on Life Science Grid (LSGRID 2004), pp. 109 - 122, 2004.
• Masashi Tanaka, Vicente M. Cabrera, Ana M. Gonz?lez, Jos? M. Larruga, Takeshi Takeyasu1, Noriyuki Fuku, Li-Jun Guo, Raita Hirose, Yasunori Fujita, Miyuki Kurata, Ken-ichi Shinoda, Kazuo Umetsu, Yoshiji Yamada, Yoshiharu Oshida, Yuzo Sato, Nobutaka Hattori, Yoshikuni Mizuno, Yasumichi Arai, Nobuyoshi Hirose, Shigeo Ohta, Osamu Ogawa, Yasushi Tanaka, Ryuzo Kawamori, Masayo Shamoto-Nagai, Wakako Maruyama, Hiroshi Shimokata, Ryota Suzuki, Hidetoshi Shimodaira. Mitochondrial Genome Variation in Eastern Asia and the Peopling of Japan, Genome Research, Vol. 14, pp. 1832-1850, 2004.
• T. Kamimura, H. Shimodaira, S. Imoto, S. Kim, K. Tashiro, S. Kuhara, S. Miyano. Multiscale Bootstrap Analysis of Gene Networks Based on Bayesian Networks and Nonparametric Regression, Genome Informatics, Vol. 14, pp. 350-351, 2003.
• T. Kanamori, H. Shimodaira. Active learning algorithm using the maximum weighted log-likelihood estimator, Journal of Statistical Planning and Inference, Vol. 116, pp. 149-162, 2003.
• 下平英寿. ブートストラップ法によるクラスタ分析のバラツキ評価, 統計数理, 50, pp. 33-44, 2002.
• H. Shimodaira. Approximately unbiased test of phylogenetic tree selection, Systematic Biology, Vol. 51, pp. 492-508, 2002.
• S. Kuriki, H. Shimodaira, T. Hayter. On the isotonic range statistic for testing against an ordered alternative, Journal of Statistical Planning and Inference, Vol. 105, pp. 347-362, 2002.
• S.Imoto, S.Kim, H.Shimodaira, S.Aburatani, K.Tashiro, S.Kuhara, S.Miyano. Bootstrap Analysis of Gene Networks Based on Byesian Networks and Nonparametric Regression, Genome Informatics, Vol. 13, pp. 369-370, 2002.
• 下平英寿. データからの「発見」と新しいブートストラップ法, 数理科学, Vol. 474, pp. 14-20, 2002.
• T. Buckley, C. Simon, H. Shimodaira, G. Chambers. Evaluating hypotheses on the origin and evolution of the New Zealand alpine cicadas (Maoricicada) using multiple-comparison tests of tree topology, Molecular Biology and Evolution, Vol. 18, pp. 223-234, 2001.
• H. Shimodaira. Multiple comparisons of log-likelihoods and combining nonnested models with applications to phylogenetic tree selection, Communications in Statistics, Part A-Theory and Methods, Vol. 30, pp. 1751-1772, 2001.
• H. Shimodaira, M. Hasegawa. CONSEL: for assessing the confidence of phylogenetic tree selection, Bioinformatics, Bioinformatics, Vol. 17, pp. 1246-1247, 2001.
• 金森敬文, 下平英寿. 重み付き最尤推定量の情報量規準を用いた能動学習の最適化, 統計数理, Vol. 48, pp. 197-212, 2000.
• H. Shimodaira. Improving predictive inference under covariate shift by weighting the log-likelihood function, Journal of Statistical Planning and Inference, Vol. 90, pp. 227-244, 2000.
• R. Ota, P. Waddell, M. Hasegawa, H. Shimodaira, H. Kishino. Appropriate likelihood ratio tests and marginal distributions for evolutionary tree models with constraints on parameters, Molecular Biology and Evolution, Vol. 17, pp. 798-803, 2000.
• 下平英寿. ゲノムの統計解析（５）モデル選択のバラツキを評価する, ESTRELA, Vol. 80, pp. 76-80, 2000.
• 下平英寿. モデル選択理論の新展開, 統計数理, 47, pp. 3-27, 1999.
• H. Shimodaira, M. Hasegawa. Multiple comparisons of log-likelihoods with applications to phylogenetic inference, Molecular Biology and Evolution, Vol. 16, pp. 1114-1116, 1999.
• 下平英寿. 信頼集合と予測分布地図による統計的モデル選択の診断法, 計測と制御, Vol. 38, pp. 433-438, 1999.
• 下平英寿. 統計的仮説検定は有効か？, 日本統計学会会報, Vol. 100, pp. 12-15, 1999.
• H. Shimodaira. An application of multiple comparison techniques to model selection, Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Vol. 50, pp. 1-13, 1998.
• H. Shimodaira. Assessing the error probability of the model selection test,, Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Vol. 49, pp. 395-410, 1997.
• 下平英寿. モデルの信頼集合と地図によるモデル探索, 統計数理, Vol. 41, pp. 131-147, 1993.

著書

• Takafumi Kanamori, Hidetoshi Shimodaira. Geometry of covariate shift with applications to active learning, Dataset Shift in Machine Learning, MIT Press, Feb. 2009.
• 下平英寿. 第８章 ブートストラップ, 21世紀の統計科学ＩＩＩ 数理・計算の統計科学, 東京大学出版会, Sept. 2008.
• 下平英寿. 第4章 モデル選択とブートストラップ, 赤池情報量規準AIC, 共立出版, July 2007.
• 赤池弘次, 甘利俊一, 北川源四郎, 樺島祥介, 下平英寿, 室田一雄, 土谷隆. 赤池情報量規準AIC −モデリング・予測・知識発見−, 共立出版, July 2007.
• 下平英寿. 情報量規準によるモデル選択とその信頼性評価, モデル選択 ─ 予測・検定・推定の交差点, 統計科学のフロンティア 3 岩波書店, モデル選択 ─ 予測・検定・推定の交差点, 統計科学のフロンティア 3 岩波書店, 2004.
• H. Shimodaira. A new criterion for selecting models from partially observed data, Lecture Notes in Statistics, Springer-Verlag, Lecture Notes in Statistics, Springer-Verlag, Vol. 89, pp. 21-30, 1994.

国際会議発表 (査読なし・不明)

• Paul Sheridan, Hidetoshi Shimodaira. Scale-free network priors in Bayesian inference with applications to Bioinformatics, The International Workshop on Data-Mining and Statistical Science (DMSS2007), Oct. 2007.

国内会議発表 (査読なし・不明)

• 金城 憲長, 山下 真, 福田 光浩, 下平 英寿. センサーネットワークモデルにおける重み付けによる数値精度向上について, 日本オペレーションズ・リサーチ学会2012年秋季研究発表会, Sept. 2012.
• 下平英寿. 多数の片側検定に関するFalse Discovery Rateのマルチスケール計算, 統計関連学会連合大会, Sept. 2009.
• 青木正良, 金森敬文, 下平英寿. マルチスケール・バギングによる判別分析の信頼性評価, 統計関連学会連合大会, Sept. 2009.
• 小松勇介, 清水昌平, 下平英寿. マルチスケール・ブートストラップを用いた信頼度計算： LiNGAMによる因果モデル探索の場合, 統計関連学会連合大会, Sept. 2009.
• 下平英寿. マルチスケール・ブートストラップ法による頻度論的およびベイズ的な信頼度計算と*FDR, A Bayesian Approach to Statistical Inference and Its Related Topics, Oct. 2008.
• 下平英寿. Ｒを用いたブートストラップ法の大規模並列計算, 統計関連学会連合大会, Sept. 2008.
• 下平英寿. マルチスケール・ブートストラップ法による頻度論的およびベイズ的な信頼度計算, 統計関連学会連合大会, Sept. 2008.
• Paul Sheridan, Takeshi Kamimura, Hidetoshi Shimodaira. Scale-free prior specification in graphical modeling with applications to gene network inference, 日本進化学会第１０回東京大会, Aug. 2008.
• Hidetoshi Shimodaira. Identification of phylogenetic networks under model misspecification, 日本進化学会年会, Aug. 2008.
• Paul Sheridan, Takeshi Kamimura, Hidetoshi Shimodaira. Scale-free prior specification in graphical modeling with applications to bioinformatics, 東京工業大学グローバル COE 「計算世界観の深化と展開」発足シンポジウム, Dec. 2007.
• Paul Sheridan, Takeshi Kamimura, Hidetoshi Shimodaira. Scale-free prior specification in graphical modeling with applications to bioinformatics, 東京工業大学グローバル COE 「計算世界観の深化と展開」発足シンポジウム, Dec. 2007.
• Paul Sheridan, Takeshi Kamimura, Hidetoshi Shimodaira. Scale-free prior specification in graphical modeling with applications to gene networks, The 2007 Japanese Joint Statistical Meeting, Kobe University, Sept. 2007.

その他の論文・著書など

• H. Simodaira, M. Hasegawa. Assessing the uncertainty in phylogenetic inference, Statistical Methods in Molecular Evolution (ed. R. Nielsen), Statistics for Biology and Health, Springer Verlag, pp. 463-492, 2005.
• 中田 和秀, 下平 英寿, 武田 朗子, 小林 和博. 第１５回RAMPシンポジウムルポ, オペレーションズ・リサーチ, Vol. 49, pp. 256-257, 2004.

学位論文

• 統計的モデル選択の研究　-　モデルの信頼集合の構成,  本文,  Doctor of Engineering,  The University of Tokyo,  1995/--/--, 
• 確率モデルに基づく認識と学習　-　双対座標を用いた幾何学的アプローチ,  Master of Engineering,  The University of Tokyo,  1992/--/--, 

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